Khi Đức cha Cao bị bắt ở Bố Chính, thầy Tự có thể lẩn đi. Nhưng thầy không đi. Thầy xin được theo cùng. Thầy biết rõ: người giúp việc cho một giám mục bị bắt thì cũng khó thoát đòn roi, thậm chí cái chết. Nhưng thầy đã theo cha bao năm, thì bây giờ cũng không bỏ cha.
Hai mươi tuổi làm thầy giảng
Phêrô Nguyễn Khắc Tự sinh tại Ninh Bình, khoảng năm 1808 (có tài liệu ghi 1811). Năm hai mươi tuổi, anh chọn con đường làm thầy giảng, phục vụ ở Giáo phận Tây Đàng Ngoài.
Anh được làm việc bên cạnh cha Pierre Dumoulin Borie, một thừa sai người Pháp, tên Việt là Cao, người về sau được chọn làm giám mục. Thầy Tự dạy giáo lý, đi theo cha đến các họ đạo, giúp đỡ giáo dân ở những vùng xa xôi. Qua bao nhiêu năm tháng, giữa hai người đã hình thành một tình thầy trò, tình cha con thật sâu đậm.
Cùng bị bắt ở Bố Chính
Năm 1838, dưới triều Minh Mạng, Đức cha Cao bị vây bắt tại Bố Chính. Thầy Tự xin được đi cùng.
Thầy bị giải về Đồng Hới. Quan hứa sẽ tha nếu thầy chối đạo, hoặc chỉ cần khai ra những làng đã đi qua, những người đã giúp đỡ. Thầy trả lời:
"Bẩm quan lớn, tôi thà chết còn hơn chối đạo."
Thầy bị đánh hai mươi roi, bị phơi nắng. Có lúc người ta nhốt thầy vào một hầm đầy rắn độc, mong nỗi sợ hãi sẽ bẻ gãy được thầy. Nhưng thầy không khuất phục.
Ở gần thầy mình
Trong ngục Đồng Hới, thầy Tự được ở gần Đức cha Cao. Có những linh mục khác cũng đang bị giam, và cha Ngân đã giúp thầy lãnh bí tích Hòa giải.
Còn có ông trùm Antôn Nguyễn Hữu Quỳnh, một lang y quê Mỹ Hương, cũng bị giam cùng. Một nhóm người nhỏ, một giám mục, mấy linh mục, một thầy giảng, một ông trùm, sống với nhau như một cộng đoàn giữa bốn bức tường ngục.
Tình thầy trò không dừng lại khi cửa ngục khép. Nó tiếp tục qua những đêm dài chờ án, qua những lời cầu nguyện chung.
Đi sau thầy
Đức cha Cao bị xử trước, vào tháng 11 năm 1838. Thầy Tự tiếp tục bị giam thêm hơn một năm rưỡi nữa, không còn người thầy bên cạnh.
Ngày 10 tháng 7 năm 1840, dưới triều Minh Mạng, thầy Phêrô Tự bị xử giảo, tức là bị thắt cổ, tại pháp trường Đồng Hới, cùng với ông trùm Antôn Quỳnh.
Thầy được phong Chân phước ngày 27 tháng 5 năm 1900 và được tôn phong Hiển Thánh ngày 19 tháng 6 năm 1988. Ngày kính riêng của thầy là 10 tháng 7.
Theo thầy đến cùng
Có những mối quan hệ được thử thách không phải lúc thuận lợi, mà lúc khó khăn nhất. Thầy Tự đã có thể quay đi, nhưng thầy chọn ở lại. Thầy đã theo cha Cao trên những con đường truyền giáo, và thầy cũng theo cha trên con đường vào ngục, con đường lên pháp trường.
Các môn đệ của Chúa Giêsu đã bỏ Thầy mà chạy trốn trong đêm Ngài bị bắt. Thầy Tự, người môn đệ Việt Nam, đã không chạy. Và nhờ thế, thầy đã học được bài học cuối cùng từ người thầy của mình: bài học về lòng trung thành.